Уголовное дело в отношении Баймаганбетова было возбуждено 3 февраля. В тот же день его задержали и поместили в изолятор временного содержания департамента внутренних дел Астаны. Однако, в чем именно обвиняли бывшего чиновника, не сообщалось.

Баймаганбетов возглавлял комитет таможенного контроля, начиная с мая 2011 года. Второго февраля текущего года стало известно, что он освобожден от должности (известие об этом пришло через три дня после заседания коллегии Минфина республики). Причина ухода Баймаганбетова с поста не уточнялась. Комитет таможенного контроля возглавил экс-председатель агентства по защите конкуренции Мажит Есенбаев.

Баймаганбетов до своего назначения в таможню был министром внутренних дел Казахстана. Тогда он оказался втянут в крупный скандал. Осенью 2010 года в казахской газете "Время" появилась статья под заголовком "Своя вертушка ближе к телу" . В ней утверждалось, что чиновник вместе с семьей летал на озеро Алаколь на самолете Ан-30, предназначенном для перевозки полицейского спецназа, а также использовал в личных целях вертолет Ми-8. Однако МВД республики официально опровергло эту информацию, подчеркнув, что Баймаганбетов в указанный журналистами период находился в служебной командировке.