Версия о том, что причиной аварии межпланетной станции могло стать воздействие американских радаров, появилась в статье газеты "Коммерсантъ" 17 января 2012 года. В заметке со ссылкой на неназванные источники в ракетно-космической отрасли сообщалось, что аппарат мог попасть под действие радаров, работающих на атолле Кваджалейн. Якобы на момент пролета станции радары следили за астероидами.

Позже представитель NASA Боб Джейкобс заявил, что никаких наблюдений за астероидами с радаров на атолле Кваджалейн в день старта "Фобос-Грунта" не проводилось. О том, что гипотезу проверят экспериментально, заявил глава Межведомственной комиссии по расследованию причин падения аппарата Юрий Коптев. При этом NASA отказалось участвовать в проверке.

"Фобос-Грунт" стартовал 9 ноября 2011 года. В то время, когда станция находилась на околоземной орбите, у нее на борту возникли неполадки, которые привели к тому, что маршевый двигатель аппарата не включился. Станция пробыла на борту до 15 января, когда она сошла с орбиты и сгорела в плотных слоях атмосферы.

Официальной версией аварии было признано воздействие тяжелых заряженных частиц, которые вызвали перезагрузку бортового компьютера на орбите. Как следствие, аппарат ушел в спящий режим. Кроме этого говорилось, что при создании "Фобос-Грунта" применялись микросхемы с гражданской маркировкой, в то время как для работы в космосе нужна военная или космическая маркировки.

В разговоре с "Эхо Москвы" Владимир Поповкин также заявил, что доклад комиссии по расследованию причин аварии будет опубликован на сайте Роскосмоса до конца рабочей недели, то есть 3 или 4 февраля.